يحيى الفلسطينيون ذكرى نكبة 15 مايو عام 1948 عندما أُعلن إقامة دولة إسرائيل على أراضٍ فلسطينية محتلة، وهجَّرت عصابات صهيونية مسلحة، آنذاك، نحو 750 ألف فلسطيني من أصل 1.4 مليون من قراهم ومدنهم إلى لبنان وسوريا والأردن والضفة الغربية وقطاع غزة.
وكانت للبابا شنودة علاقة خاصة جداً تربطه بالزعيم الفلسطيني ياسر عرفات الذى كان يحرص على زيارته كلما جاء إلى القاهرة، أو الاتصال تليفونيا ليطمئن على البابا ويطلب منه الصلاة من أجل الشعب الفلسطينى.
وفترة فى آواخر مارس 2002، والتى شهدت الانتفاضة الثانية، فرض جيش الاحتلال حصارا على ياسر عرفات، داخل مقر الرئاسة الفلسطينية في مدينة رام الله، اتصل الرئيس الفلسطيني بالبابا شنودة، وقال له إن اسرائيل تحاصرنى، ورد البابا: "سأصلى من أجلك وأوصل رسالتك إلى العالم"، وبعدها عقد البابا شنودة مؤتمرا فى الكاتدرائية بالعباسية فى أبريل 2002، حضره نحو 10 آلاف فرد وعشرات الشخصيات السياسية، ونقلته حوالى 140 صحيفة وقناة دولية ومحلية، كما حضر فضيلة شيخ الأزهر محمد سيد طنطاوى ومعه حوالى 100 شيخ أزهرى، وتحدث فى المؤتمر 10 أفراد من السفراء والساسة والشخصيات العامة وقيادات الأحزاب وفضيلة شيخ الأزهر.
واختتم المؤتمر بكلمة البابا شنودة عن حصار الزعيم الفلسطينى وعن حق الفلسطينيين في الحياة، وأثناء انعقاد المؤتمر اتصل الرئيس ياسر عرفات من مقره المحاصر برام الله، وندد بالعدوان الصهيوني على المقدسات الإسلامية والمسيحية، ورد قداسة البابا عليه بكلمات مشجعة، قائلا: "كلنا هنا نطلب من الرب أن ينقذك وتعيد بناء الدولة الفلسطينية كما كانت ونفرح بها معكم"، ثم تعالت هتافات الحضور بنصرة المظلوم.
